Über Dakhla ist nur wenig aus der pharaonischen Zeit bekannt. Es gibt nur eine einzige Stele aus der 22. Dynastie, die von dem Briten H. G. Lyons in der Nähe von Mut im Jahr 1894 gefunden wurde. Auf dieser Stele wird von einem Streit um Wasser berichtet.
Dakhla war wie alle anderen Oasen während der Römerzeit dicht bevölkert. Hier reihen sich aber keine Festungen wie in Kharga, weil Dakhla nicht an so vielen Karavanenrouten liegt. Es scheint, dass die Route Darb al-Tarfawi in Richtung Süden, an der Dakhla liegt, nicht dieselben kämpferischen Schutzmaßnahmen erforderlich machte wie die Straße Darb al-Arbein.
Das fruchtbare Dakhla belieferte Rom mit dringend benötigtem Getreide.

Nach den Römern nutzten die Christen einige der vormals römischen Gebiete. Es gibt Ruinen von koptischen Kirchen an verschiedenen Stellen rund um Dakhla, die aus dem 7. Jahrhundert stammen. Ab dieser Zeit wuchs der Einfluss des Islam. Angriffe aus dem Norden und Westen führten zum Bau von befestigten Städten wie Qasr Dakhla auf Felsen oder Bergen. Sie verfügten über Tore, die zum Schutz vor Angriffen über Nacht geschlossen werden konnten. Trotzdem konnte Pasha Mohamed Ali Dakhla unterwerfen, wie er es auch mit den anderen großen Oasen machte.

Die Sanussi besetzten Dakhla 1916 nur kurz. Sie wurden nach einem Angriff der Briten, der sich auf die Ortschaften Tineida und Balad konzentrierte, vertrieben. Nach einem drei Tage dauernden Kampf zogen die Sanussi ab und machten sich in Richtung Siwa auf den Weg durch die Wüste.

Europäische Besucher
Sir Archibald Edmondstone war der erste Europäer, der Dakhla 1819 nach einer zermürbenden fünftägigen Wettfahrt gegen den Franzosen Dovetti erreichte. Vom Niltal kommend hatte Edmondstone die direktere Route Darb al-Tawil (Lange Straße) gewählt, die an Kharga vorbeiführte. Der einzige Berg in Dakhla ist in Anerkennung seines verwegenen Mutes nach ihm benannt worden. Bis zu jener Zeit war Dakhla ein vergessener Ort, der mehr gerüchteweise als wirklich existierte. Später im selben Jahr kam ein weiterer Franzose, Cailliaud, nach Dakhla und Muller und Wilkinson folgten in den 20er Jahren des 19. Jahrhunderts. Aber erst nach der Expedition von 1874 des deutschen Forschers Rohlfs wurde diese Gegend gründlich kartiert, und auch der Berg Edmondstone erhielt in dieser Zeit offiziell seinen Namen. H.G. Lyons erreichte Dakhla 1874 und fand die pharaonische Stele in Mut. Offiziellere Expeditionen finanziert und organisiert von der Geological Survey erreichten die Oase 1898. Die Eröffnung der Eisenbahn in Dakhla im Jahr 1908 schließlich ließ die Oase zu einem Ziel für Touristen werden.