Wie bei all den anderen Oasen gibt es auch in Farafra nur wenige Hinweise auf eine Besetzung während der pharaonischen Zeit. Es gibt jedoch Geschichten und Legenden, die mit Farafra zu tun haben. Eine dieser Legenden bringt die Oase mit dem mysteriösen Verschwinden der Armee des Cambyses in Verbindung, des persischen Königs, der Ägypten im 6. Jahrhundert v. Chr. eroberte. Diese Geschichte wird von Herodot erzählt, er berichtet, dass Cambyses eine Armee von 50.000 Mann von Theben nach Siwa schickte mit dem Auftrag, das Orakel von Amun zu zerstören. Die Armee soll nach sieben Tagen die Stadt Oasis (vielleicht Kharga) erreicht habe, danach ist sie wahrscheinlich via Dakhla nach Farafra gereist, bevor sie sich durch das unberechenbare, gefährliche Große Sandmeer auf den Weg nach Siwa machte. Die Armee erreichte Siwa nie und man hat nie wieder etwas von ihr gehört. Die Legende erzählt, dass Cambyses' Armee von ihrem Schicksal heimgesucht wurde, als ein großer Sandsturm aufkam, der die Männer unter dem Sand begrub und sie so vollständig verschwinden ließ. Seitdem hat die Suche nach der verlorenen Armee viele Wüstenforscher auf ihren Reisen inspiriert.

Bekannt ist, dass die Oase während der Römerzeit besetzt war, sie stellte eine Verbindung zwischen Libyen und dem Niltal dar. Lange Zeit nach dem Abzug der Römer und den koptischen Christen, die ihnen folgten, kamen die Araber von Nordafrika nach Farafra und brachten den Islam mit. Seit dieser Zeit wurde Farafra häufig ein Opfer von Überfällen aus der Wüste, was ihre Bevölkerung stark dezimierte, denn die Menschen flohen aus der Oase, um der Ausbeutung und Gewalt zu entgehen. Dies war immer noch der Fall, als Rohlfs im Jahr 1874 Farafra erreichte. Zwar hatten die Sanussi, die über 20 Jahre in der Oase präsent waren, im Großen und Ganzen für Stabilität gesorgt, aber es gab immer noch häufige Überfälle und Rohlfs wurde anfangs viel Misstrauen entgegengebracht.

Das Projekt Neues Tal des ägyptischen Präsidenten Nasser brachte Farafra einigen Wohlstand. Es wurden neue landwirtschaftliche Anbauflächen geschaffen und die Regierung bot wirtschaftliche Anreize für eine neue Besiedlung der Oase. Farafra wurde mit Strom versorgt, neue Schulen, Krankenhäuser und Moscheen wurden gebaut. Man hofft, dass diese Neuerungen auch Fachkräfte anziehen, sowohl Ärzte als auch Klempner, und sie ermutigen, sich in der Gegend niederzulassen. Gleichzeitig gibt es ein Bestreben, in Farafra möglichst organischen Landbau zu betreiben und so der Umweltverschmutzung vorzubeugen. Auch der Tourismus wird gefördert, allerdings unter der Voraussetzung, dass das natürliche und kulturelle Erbe der Oase dadurch keinen Schaden nimmt.